Chien : que sait-on de son microbiote ?

Par Nathalie Szapiro avec l’aimable collaboration de Jean-Claude Jestin, docteur-vétérinaire

Intestin et microbiote assurent plusieurs fonctions sur les plans immunitaire, métabolique et digestif. En l’occurrence, le microbiote forme une barrière protectrice contre d’autres bactéries dangereuses et collabore avec le système immunitaire intestinal pour assurer des missions de sauvegarde.                          Cela va sans doute bien au-delà car on sait par exemple que, chez l’homme, le microbiote synthétise des vitamines, dégrade des toxines pour permettre le bon fonctionnement des organes et transforme les résidus des aliments non digérés par les enzymes. Pour cette dernière tâche, différentes communautés bactériennes complémentaires interagissent entre elles : elles échangent leurs nourritures, dégradent, fermentent, ce qui génère de nouveaux composés organiques (métabolites) qui assurent à leur tour diverses fonctions. Comme des similitudes existent entre notre système digestif et celui de nos animaux de compagnie, il est fort à parier que leur microbiote assure probablement la totalité ou une partie de ces tâches. D’ailleurs, l’homme et le chien partagent un même microbiote à 63 % !

Les souches benefiques

 Lorsqu’un microbiote comprend des familles de bactéries dans des proportions inhabituelles ou qu’il manque certaines familles pourtant réputées utiles, cela peut avoir des conséquences sur la santé : maladies inflammatoires, diabète et peut-être même certains cancers pourraient être en rapport avec un microbiote défaillant. Tout l’enjeu actuel est donc de comprendre quels désordres du microbiote entrainent quels types de pathologies. Cela n’a rien de simple car le microbiote peut naturellement varier d’un animal à l’autre, sans que cela soit forcément pathologique (ce qu’il mange joue un rôle dans cette variation). Les chercheurs veulent aussi comprendre comment certaines souches de bactéries réputées bénéfiques agissent. 

Mais, avant d’espérer en faire des médicaments, il faut passer par de nombreuses étapes : trouver une souche bactérienne facile à cultiver, à administrer, qui apporte bien un bénéfice pour la santé de l’animal, mais sans générer de nouveaux problèmes, etc. Cela prend généralement des années et, sur toutes les souches testées, seulement un petit nombre franchira au final tous ces obstacles !

Bichonner son microbiote

 En attendant de pouvoir moduler le microbiote à l’aide de «souches bactériennes – médicaments», le mieux est encore de bichonner son microbiote lorsqu’il est bon ou de tout faire pour le rendre meilleur lorsqu’il n’est pas optimal. C’est possible car, chez l’humain comme chez le chien, l’alimentation a une influence directe sur la qualité et donc sur la santé d’un microbiote. Les bactéries intestinales se nourrissent de ce qu’elles trouvent dans l’intestin. Selon ce qui est apporté, certaines familles de bactéries peuvent proliférer et d’autres péricliter. Cela a d’ailleurs été démontré chez des chiens qui reçoivent une alimentation très riche en viande : leur diversité microbienne est moindre, comparativement à des chiens recevant une alimentation plus variée. De là est née l’idée de leur donner des substances capables de stimuler, de manière sélective, la croissance des bactéries intestinales jugées les plus intéressantes. Ces substances s’appellent des «prébiotiques» et les plus utilisées chez le chien sont les fructo-oligosaccharides (FOS), les mannan-oligosaccharides (MOS), l’inuline, le lactulose, etc. : des substances que l’on retrouve dans les aliments de prescription pour chiens atteints de diarrhée vendus par les vétérinaires ! Et de fait, le recours aux prébiotiques chez des chiens souffrant de maladies intestinales inflammatoires s’accompagne bien d’une amélioration immédiate. Mais, pour que les prébiotiques aient une chance de stimuler la croissance d’une famille de bonnes bactéries, encore faut-il que cette famille soit présente ! Sinon, il n’y a pas d’autre choix que de l’apporter.

Transplanter des bacteries

 Les probiotiques sont justement des micro-organismes (bactérie ou levure) qui, une fois ingérés, apportent des bénéfices à la santé, par exemple en entrant en compétition avec des bactéries pathogènes responsables de diarrhées, en les empêchant d’adhérer à la paroi intestinale et donc, en favorisant leur élimination. Des essais couronnés de succès ont déjà été pratiqués avec différents probiotiques : Bifidobactérium contre les diarrhées de stress des chiens placés en chenil, ou encore Saccharomyces boulardii, chez des chiens présentant des diarrhées chroniques.   Quand un chien mange les crottes d’un congénère, il fait sans le savoir de la transplantation fécale, c’est-à-dire qu’il importe la flore bactérienne d’un autre chien dans son intestin ! Encore faut-il que cette flore importée soit de meilleure qualité que la sienne et qu’elle puisse en partie remplacer sa flore indésirable, ce qui n’a rien d’évident dans ces conditions ! 

Freiner une inflammation

 Pour faire une transplantation de flore digne de ce nom, il faut d’abord réaliser un lavage du côlon pour évacuer une partie du microbiote défaillant du chien malade avant de lui envoyer la flore bactérienne d’un chien en pleine santé (issue d’un don de selle filtré) et ainsi espérer la colonisation du côlon du chien malade par de nouvelles bonnes bactéries. Cet effet est cependant transitoire : le microbiote revient à sa composition initiale en quelques semaines. C’est néanmoins suffisant pour freiner une poussée inflammatoire chez un chien souffrant de Maladie Inflammatoire Chronique de l’Intestin (MICI), par exemple.                                                                     

En outre, cette procédure pourrait encore se simplifier dans le futur avec notamment la sélection de donneurs au profil idéal, la conservation de cette flore à grande échelle et la transplantation non plus des bactéries mais seulement de leurs protéines les plus utiles, pourquoi pas sous forme de gélules, pour des raisons pratiques.

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